Die Mineralogische Sammlung wurde 1779 gegründet und ist eine der ältesten und größten deutschen Universitätssammlungen im Bereich der Mineralogie. Das ist die Wissenschaft der Minerale, also den Bestandteilen von Gesteinen, die nicht aus Lebewesen entstanden sind. Besonders Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler der Geo- und Biogeowissenschaften und Chemie nutzen die Sammlung in der Forschung und in der Lehre.

Die Sammlung hat verschiedene Bereiche mit fast 80.000 Objekten, zum Beispiel Quarze, Erze oder auch Gold und viele andere Objekte.
Zum Bereich regionale Minerale gehören Minerale aus der Gegend rund um Jena. Die meisten stammen aus der Zeit der Trias. Das ist ein Zeitraum im sogenannten Erdmittelalter vor mehr als 200 Millionen Jahren. Man nennt diesen Zeitraum auch „Mesozoikum“.

In einer systematischen Sammlung werden Minerale nach bestimmten Kriterien gesammelt. Viele Stücke kommen aus der Region Thüringen, manche aber auch aus der ganzen Welt.
Die Sammlung enthält zum Beispiel eine größere Anzahl an Meteoriten, also Gesteine, die aus dem Weltall stammen und Tektiten. Diese entstehen, wenn ein Meteorit auf der Erde einschlägt. Rund um den Einschlag können dann  Gesteine zu Glas schmelzen.

Zur Mineralogischen Sammlung gehört auch die Sammlung der „Societät für die gesamte Mineralogie zu Jena“. Sie ist die erste geowissenschaftliche Gesellschaft Europas und wurde 1779 gegründet. Die Mitglieder der Gesellschaft schenkten der Jenaer Universität ihre eigenen Funde und auch ganze Mineral- und Gesteinssuiten, die aus einer Ansammlung bestimmter Mineralien oder Gesteine bestehen.

Die Modelle sind aus verschiedenen Materialien gemacht, zum Beispiel aus
Metall, Pappe, Gips oder Holz. Sie werden regelmäßig in der Lehre benutzt. Auch im Computerzeitalter werden solche Modelle regelmäßig in der Lehre verwendet. Denn anders als am Computer bekommen die Studierenden durch solche Modelle ein besseres Verständnis von räumlichen Ausdehnungen und Maßen.