Die Kunstdenkmäler und die Kunstsammlung der Friedrich-Schiller-Universität werden von den Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern der Kustodie betreut.
Kustodie kommt vom lateinischen Wort „custodia“ und bedeutet „Wache“. Heute ist eine Kustodie eine Verwaltung. Die Kunstsammlung der Universität Jena wurde im 16. Jahrhundert gegründet. Zu ihr gehören über 1.300 Kunstwerke, zum Beispiel Gemälde, Skulpturen, Medaillen und andere kunsthandwerkliche Gegenstände.

Bedeutende Kunstgegenstände der Sammlung sind zum Beispiel

• die Porträts von Jenaer Professoren aus fünf Jahrhunderten,
• große Gemälde von bedeutenden Malern wie Ferdinand Hodler oder Ludwig von Hofmann,
• verschiedene Plastiken von Auguste Rodin und anderen bekannten Bildhauern,
• moderne Kunstwerke, zum Beispiel von Frank Stella oder Imi Knoebel.

Die Kustodie verwaltet weitere Gegenstände wie die Insignien und Talare der Universität. Solche Insignien sind zum Beispiel, Zepter, die Schmuckkette des Präsidenten oder Urkunden, alles Zeichen der Macht und Würde.
Die Talare der Universität, also lange Festgewänder, werden nur bei besonderen Veranstaltungen der Universität getragen.

Außerdem gibt es an der Universität einen besonderen Brauch: Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter der Universität können einzelne Kunstwerke der Sammlung ausleihen und Ihre Diensträume damit schmücken.