Herbarien wurden in Europa schon in der ersten Hälfte des 16. Jahrhunderts zusammen mit Botanischen Gärten angelegt. Das Herbarium Haussknecht in Jena wurde von dem Botaniker Heinrich Carl Haussknecht (1838-1903) Ende des 19. Jahrhunderts gegründet.
Aber was ist ein Herbarium? Das Wort Herbarium kommt vom lateinischen Wort „herba“ und bedeutet Kraut. Ein Herbarium ist also eine Sammlung meist getrockneter und gepresster Pflanzen und Pflanzenteile, die man auf einzelne Papierbögen klebt und genau beschreibt. Herbarien nutzt man also schon ungefähr 500 Jahre für die wissenschaftliche Untersuchung von Pflanzen.

Das Herbarium Haussknecht (JE) ist heute eines der größten Herbarien auf der ganzen Welt. Die Sammlung enthält über 3,5 Millionen Belege getrockneter Pflanzen, zum Beispiel Pflanzen aus Thüringen, Vorderasien, Kuba oder Südost-Europa. Außerdem gibt es eine Sammlung von Moosen aus der ganzen Welt. Die Sammlung kubanischer Pflanzen ist die größte außerhalb Amerikas.
Von besonderer Bedeutung ist die Referenzsammlung zur Pflanzenwelt in Vorderasien: Alle Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler, die über Pflanzen in diesem Gebiet forschen, benutzen für Ihre wissenschaftliche Arbeit die Jenaer Sammlung.

In den Räumen des Herbariums sind noch weitere Kostbarkeiten. Dazu gehören die Sammlungen und die Nachlässe bedeutender Botaniker wie zum Beispiel Carl Haussknecht oder Theodor Strauss.
Zur Sammlung gehören auch viele alte botanische Bücher. Einige stammen noch aus dem 16. Jahrhundert. Außerdem gibt es eine kleine Sammlung alter Geräte, die man früher in der Botanik benutzte.