Das Herbarium Haussknecht (JE) beherbergt ca. 3,5 Millionen getrocknete, gepresste und auf Papierbögen montierte Pflanzen und zählt neben den Herbarien in Berlin und München zu den drei größten in Deutschland. Insbesondere die Moossammlung und die Sammlung kubanischer Pflanzen sind von internationaler Bedeutung. Neben Pflanzenbelegen werden weiterhin Früchte und Samen sowie die Nachlässe vieler Botaniker bewahrt. Geographische Schwerpunkte stellen Thüringen, Südosteuropa, Vorderasien und Kuba dar. Mit der Sammlung assoziiert ist ein umfangreicher, zum Teil bis in das 16. Jahrhundert zurückreichender Buchbestand zur Botanik, der von der Thüringer Universitäts- und Landesbibliothek gepflegt wird. Des Weiteren ist das Herbarium traditionell Sitz der Thüringischen Botanischen Gesellschaft e. V.