Die Sammlung Ur- und Frühgeschichte wurde 1863 durch den Kunsthistoriker Friedrich Klopfleisch als Germanisches Museum der Universität Jena gegründet.

Zu den Gründungsbeständen zählte neben der Privatsammlung Klopfleischs vor allem die sogenannte „Praehistorica“-Sammlung der Großherzoglichen Bibliothek in Weimar, die bis auf die Arbeiten von Johann Wolfgang von Goethe und Christian August Vulpius zurückreicht.
Heute stellt die Sammlung mit über 1.000.000 Einzelobjekten in mehr als 50.000 Inventargruppen eine der größten Universitätssammlungen zur Ur- und Frühgeschichtlichen Archäologie in ganz Europa dar: Die Objekte stammen aus allen ur- und frühgeschichtlichen Kulturgruppen und allen Regionen der Welt, wobei ein Schwerpunkt in Mitteldeutschland mit Funden von über 1.000 verschiedenen Fundstellen liegt.

Objekte aus der Sammlung waren in vielen Fällen die Grundlage für die erstmalige Beschreibung archäologischer Kulturen oder Zeitstufen (z.B. für die Bandkeramik, die Schnurkeramik, die Dreitzscher Gruppe oder den Großromstedter Horizont). Daneben beherbergt die Sammlung eine reiche Auswahl von Fundkomplexen mit überregionaler Bedeutung für die Forschung (z.B. Ölknitz, Borsch, Ostheim, Dienstedt u.a.).

Damit stellt die Sammlung eine hervorragende Grundlage für Lehre, Forschung und Ausstellungen dar.