Die Kustodie betreut die Denkmäler und den Kunstbesitz der Friedrich-Schiller-Universität Jena. Die bereits im 16. Jahrhundert gegründete Kunstsammlung umfasst weit über 1.300 Gemälde, Grafiken, Skulpturen, Universitätsmedaillen und andere kunsthandwerkliche Gegenstände. Es ist ein besonderer Brauch an der Universität Jena, Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern Kunstwerke der Kustodie zur Ausgestaltung ihrer Diensträume leihweise zu überlassen. Außerdem verwahrt die Kustodie die Universitätsinsignien und die Talare für akademische Festveranstaltungen.
Zu den zentralen Objekten der Sammlung zählen eine Bildnisreihe Jenaer Professoren aus fünf Jahrhunderten, Monumentalgemälde bedeutender Künstler wie Ferdinand Hodler, Ludwig von Hofmann und Erich Kuithan sowie Skulpturen u.a. von Auguste Rodin. In der Kunstsammlung sind auch Beispiele moderner Kunst von Frank Stella, Imi Knoebel, Emil Schumacher u.a. vertreten.